Du kan skapa skilda mappar för referenser som gäller olika projekt eller olika texter.
Välj i Mendeley Reference Manager Collections -> New Collection
Du kan "dra" en referens från All references till en önskad mapp eller från en mapp till en annan
Alternativt kan du välja referensen (markera rutan till vänster om den) och sedan klicka på Organize i åtgärdspanelen längst ner på skärmen och sedan Add to collection. Du kan ange flera mappar som du vill infoga en referens i
Referenserna förblir i All references även om du lägger till dem i andra mappar
Genom att högerklicka på en mapp och välja New Collection kan du skapa undermappar
Det går att göra anteckningar (notebook), kommentarer (annotations) och understrykningar (highlights) i dokument som du har sparat på ditt Mendeley-konto.
Det går att dela referenser och artiklar med andra genom att skapa grupper inom Mendeley: